QIIME es una tubería de bioinformática de código abierto para realizar análisis de microbiomas a partir de datos de secuenciación de ADN sin procesar. QIIME está diseñado para llevar a los usuarios de datos de secuenciación en bruto generados en Illumina u otras plataformas a través de gráficos y estadísticas de calidad de publicación. Esto incluye desmultiplexación y filtrado de calidad, recolección OTU, asignación taxonómica, reconstrucción filogenética y análisis y visualizaciones de la diversidad. QIIME se ha aplicado a estudios basados en miles de millones de secuencias de decenas de miles de muestras.
