GARLI realiza búsquedas filogenéticas heurísticas bajo el modelo general de reversibilidad del tiempo (GTR) de sustitución de nucleótidos y sus submodelos, con o sin heterogeneidad de la tasa distribuida gamma y una proporción de sitios invariantes.
GARLI también implementa un algoritmo basado en MPI paralelo para uso en clusters de computación paralela (tenga en cuenta que la versión paralela busca realizar una búsqueda de árbol más completa y no reduce los tiempos de ejecución).