Galaxy es un sistema de flujo de trabajo científico. Estos sistemas proporcionan un medio para construir análisis de cálculo multi-pasos similares a una receta. Por lo general, proporcionan una interfaz gráfica de usuario para especificar los datos sobre los que operar, los pasos a seguir y el orden en que deben realizarse.
Galaxy es también una plataforma de integración de datos biológicos. Soporta la carga de datos desde el ordenador del usuario, por URL y directamente desde muchos recursos en línea (como el UCSC Genome Browser, BioMart e InterMine).
Galaxy soporta una amplia gama de formatos de datos biológicos ampliamente utilizados, y la traducción entre esos formatos. Galaxy ofrece una interfaz web para muchas utilidades de manipulación de texto, lo que permite a los investigadores hacer su propio reformatado personalizado y manipulación sin tener que hacer ninguna programación.